Une flore rare
Certaines plantes du site sont protégées et ne se retrouvent que dans certaines milieux. C'est le cas des plantes présentées par la suite qui sont spécifiques aux milieux humides et, pour certaines, dépendent de la dynamique en tresse de l'Arve pour se perpétuer.
La Petite Massette (Typha minima) : Plante vivace (une plante pouvant vivre plusieurs années), haute de 40 à 80 cm, forme des collonies monospécifiques au bord des rivières. on la retrouve sur les zones de contre courrant des bancs où les sédiments fin se déposent. La petite massette est une espèces pionnière colonisant rapidement après une crue les banc de sable, gravier ou de limon qui se forment. En revanche, elle disparaît en quelques années, étouffée par d'autre espèces en labse,ce de crue rajeunissantes du milieu. Le plus grand danger, pour cette espèces, est l'endiguement des rives qui rend l'écoulement rectiligne et rapide ne permettant plus à la rivière de s'exprimer librement et de créer l'habitat spécifique de cette espèces. D'autres menaces pèse sur cette espèces emblématiques, dont les exigences écologiques sont liées aux écoulements torrentiels, commme les aménagements et travaux qui affectent les rivières alpines (extraction de granulats, barrages,...).
La Petite Utriculaire (Utricularia minor) : Petite espèces vivace aquatique qui vit totalement submergée dans des eaux plutôt acides. La petit utriculaire s'observe dans des flaques de tourbières acides mais également dans celle de bas marais alcalins. Sur l'Arve, on la retrouve dans certaines ballastières. Cette utriculaire oligotrophe craint l'eutophisation des marais par le pâturage, l'assèchement des flaques, la fermeture du milieu ou la destruction de son habitat.
Scirpe à têtes rondes (Scirpoides holoschoenus) : Grande plante vivace de 50 à 150 cm de haut qui fleurit entre juillet et août. Espèce de pleine lumière qui apprécie fortement les milieux souvent inondés et les fortes températures. Elle affectionne plus particulièrement les rives des lacs, les prairies humides ainsi que les marais. Ce Scirpe très rare, est menacé par la non-gestion de son habitat ou sa destruction.
Myricaire d'Allemagne (Mycaria germanica) : Arbustes pouvant atteindre 2 mètres de haut, fleurissant de fin juin à juillet. Espèce hygrophile des milieux minéraux fins drainés par des eaux froides et oxygénées. Le Myricaire d'Allemagne est une espèces pionnières des cours d'eau alpins. On la retrouve sur les bancs à graviers de l'Arve En Rhône-Alpes l'espèce est rare ou assez rare dans les rivières de la plupart départements. Sa régression est le fait d'actions anthropiques qui contraignent la rivière de s'écouler dans un chenal étroit, et ne permettent pas à l'habitat de l'espèce de se dévelloper.
